Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
CPSF3Q9UKF6 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 P3H3-201ENST00000290510 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CPSF3Q9UKF6 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.5 ms