Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 TM9SF3-201ENST00000371142 6141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.84■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AC142381.2-201ENST00000566120 298 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 CACNA1H-201ENST00000348261 8208 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC22.78■■□□□ 1.24
VPS28Q9UK41 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms