Protein–RNA interactions for Protein: Q9NP77

SSU72, RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 194 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SSU72Q9NP77 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 OSBPL10-204ENST00000438237 2624 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 TEAD2-201ENST00000311227 2164 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 RSPO1-201ENST00000356545 2621 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 TCEA1-213ENST00000640041 1171 ntTSL 5 BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.1■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.09■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC22.08■■□□□ 1.13
SSU72Q9NP77 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 GPSM1-206ENST00000616132 2270 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC22.04■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.04■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 MEIS2-207ENST00000557796 2666 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC22.03■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 THEM6-201ENST00000336138 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
SSU72Q9NP77 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC22.03■■□□□ 1.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.5 ms