Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
TRIM56Q9BRZ2 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 CACNA1B-201ENST00000277549 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 CACNA1B-202ENST00000277551 7158 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 PANK1-201ENST00000307534 6976 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 UBFD1-208ENST00000567264 642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC22.54■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 LTB4R-201ENST00000345363 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
TRIM56Q9BRZ2 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TRIM56Q9BRZ2 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 193.1 ms