Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
CCDC3Q9BQI4 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 MTURN-201ENST00000324453 5937 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
CCDC3Q9BQI4 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.9 ms