Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 SLC19A1-209ENST00000485649 1896 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
USP28Q96RU2 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC25.44■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
USP28Q96RU2 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.4■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.2 ms