Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 SNX27-204ENST00000458013 6403 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 IGFBP6-201ENST00000301464 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ZNF652-202ENST00000430262 4701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC19.32■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ECEL1P1-201ENST00000373592 1742 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 DONSON-210ENST00000453626 2332 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 UBE3C-209ENST00000611269 1866 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC19.27■□□□□ 0.68
CCDC54Q8NEL0 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
CCDC54Q8NEL0 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC19.26■□□□□ 0.67
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 148.5 ms