Protein–RNA interactions for Protein: Q8IWP9

CCDC28A, Coiled-coil domain-containing protein 28A, humanhuman

Predictions only

Length 274 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28AQ8IWP9 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 PLEKHM2-202ENST00000375799 4122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 FBXL15-202ENST00000369956 2344 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.49■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 BCKDK-203ENST00000394950 1997 ntTSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 ANKRD16-203ENST00000380094 2738 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 KMT5C-201ENST00000255613 2308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 PARP15-202ENST00000464300 2156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 SHANK3-203ENST00000445220 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 MARK1-203ENST00000402574 5273 ntTSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.47■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 C2CD2-202ENST00000380486 6345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 LAPTM4B-204ENST00000619747 2758 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 HMOX1-201ENST00000216117 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC18.46■□□□□ 0.55
CCDC28AQ8IWP9 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 PLCB2-204ENST00000557821 4517 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 SOCS2-201ENST00000340600 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 SLC12A4-202ENST00000422611 4670 ntTSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 OLA1-204ENST00000409546 2071 ntTSL 5 BASIC18.45■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 ALG9-215ENST00000616540 2069 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 POLE2-202ENST00000539565 1792 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 BRSK1-201ENST00000309383 3079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 C18orf25-204ENST00000615553 2329 ntTSL 5 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 MTA1-201ENST00000331320 2876 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC18.44■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 CMTM3-201ENST00000361909 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 PABPC1L2B-AS1-201ENST00000416989 1167 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 AC004540.2-201ENST00000451368 611 ntTSL 2 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 AL662864.1-201ENST00000454388 1167 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.43■□□□□ 0.54
CCDC28AQ8IWP9 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC18.43■□□□□ 0.54
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms