Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 FAM102B-201ENST00000370035 5600 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
CCDC40Q4G0X9 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 AKT2-206ENST00000392038 5300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 TULP1-202ENST00000322263 1941 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 H2AFY2-201ENST00000373255 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC40Q4G0X9 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms