Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC33.89■■■■□ 3.02
TCOF1Q13428 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
TCOF1Q13428 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
TCOF1Q13428 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
TCOF1Q13428 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
TCOF1Q13428 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC33.89■■■■□ 3.02
TCOF1Q13428 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC33.89■■■■□ 3.02
TCOF1Q13428 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
TCOF1Q13428 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
TCOF1Q13428 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
TCOF1Q13428 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.89■■■■□ 3.02
TCOF1Q13428 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC33.88■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC33.88■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC33.87■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.87■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC33.87■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC33.86■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC33.85■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.85■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.85■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC33.85■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.84■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC33.83■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC33.83■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC33.83■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 YBX1P1-201ENST00000445822 960 ntBASIC33.82■■■■□ 3.01
TCOF1Q13428 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
TCOF1Q13428 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
TCOF1Q13428 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
TCOF1Q13428 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC33.82■■■■□ 3
TCOF1Q13428 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
TCOF1Q13428 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.82■■■■□ 3
TCOF1Q13428 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.82■■■■□ 3
TCOF1Q13428 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
TCOF1Q13428 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC33.8■■■■□ 3
TCOF1Q13428 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
TCOF1Q13428 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
TCOF1Q13428 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC33.8■■■■□ 3
TCOF1Q13428 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
TCOF1Q13428 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
TCOF1Q13428 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
TCOF1Q13428 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC33.8■■■■□ 3
TCOF1Q13428 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
TCOF1Q13428 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
TCOF1Q13428 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
TCOF1Q13428 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC33.79■■■■□ 3
TCOF1Q13428 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
TCOF1Q13428 HSD17B14-201ENST00000263278 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
TCOF1Q13428 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
TCOF1Q13428 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
TCOF1Q13428 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC33.79■■■■□ 3
TCOF1Q13428 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.79■■■■□ 3
TCOF1Q13428 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC33.78■■■■□ 3
TCOF1Q13428 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
TCOF1Q13428 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
TCOF1Q13428 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC33.78■■■■□ 3
TCOF1Q13428 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
TCOF1Q13428 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
TCOF1Q13428 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC33.77■■■■□ 3
TCOF1Q13428 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC33.77■■■■□ 3
TCOF1Q13428 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC33.77■■■■□ 3
TCOF1Q13428 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
TCOF1Q13428 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
TCOF1Q13428 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.77■■■■□ 3
TCOF1Q13428 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.77■■■■□ 3
TCOF1Q13428 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC33.76■■■■□ 3
TCOF1Q13428 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC33.76■■■■□ 3
TCOF1Q13428 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC33.76■■■■□ 3
TCOF1Q13428 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC33.76■■■□□ 2.99
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