Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC19.69■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 DUSP5-201ENST00000369583 2557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.69■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 LPAR1-201ENST00000358883 2687 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.68■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 MTERF3-204ENST00000523821 1529 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 COLEC12-201ENST00000400256 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 LINC01123-202ENST00000419296 2436 ntTSL 2 BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 TRIM3-202ENST00000359518 3042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.67■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 MPST-203ENST00000401419 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 CCDC102A-201ENST00000258214 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 TAF4-201ENST00000252996 4628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.66■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 LRRC14-201ENST00000292524 5328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 SMARCD2-203ENST00000448276 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 GPR162-201ENST00000311268 2768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 UBE2E3-202ENST00000410062 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.65■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.74
SCN1BQ07699 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.64■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.64■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 AC092053.2-201ENST00000640557 1818 ntBASIC19.64■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC19.64■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.64■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 FAM72B-202ENST00000369390 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 PBX4-201ENST00000251203 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 FAM136A-202ENST00000430566 885 ntTSL 3 BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 CACNA1A-218ENST00000635895 8657 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 CACNA1A-257ENST00000638009 8665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 PALM-208ENST00000592155 2272 ntTSL 4 BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.63■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 FGF22-202ENST00000586042 1288 ntTSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC19.62■□□□□ 0.73
SCN1BQ07699 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.62■□□□□ 0.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms