Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 SUPT7L-203ENST00000405491 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 OXNAD1-202ENST00000435829 1643 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 LINC00511-213ENST00000581549 2265 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 KCNH6-204ENST00000581784 3017 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AGAP12P-201ENST00000585227 2359 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 PTPRH-202ENST00000376350 3877 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 LIG1-203ENST00000536218 3179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 IFT57-201ENST00000264538 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 ARAF-201ENST00000290277 2504 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 CCNY-203ENST00000374704 3960 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 ARHGAP25-216ENST00000497079 1843 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 OTOF-203ENST00000339598 4756 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 UBE2A-202ENST00000371558 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 ASB7-201ENST00000332783 4985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC093899.2-201ENST00000513963 1935 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 PATL2-207ENST00000560775 1913 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 SLC29A4-201ENST00000297195 2839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 ENO2-205ENST00000535366 2827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 CAMSAP1-202ENST00000389532 7696 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 GMPR2-206ENST00000557854 2025 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 PLOD2-202ENST00000360060 3665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 MOGAT3-201ENST00000223114 2132 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 ARF5-201ENST00000000233 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 GSTT2B-201ENST00000290765 1099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 C19orf33-201ENST00000301246 467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 ERCC1-203ENST00000340192 949 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 PPIE-202ENST00000356511 1079 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 SLC16A6P1-201ENST00000413214 1059 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 Z97652.1-201ENST00000415176 329 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AL356056.1-201ENST00000437899 369 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 ITGA9-AS1-205ENST00000438136 578 ntTSL 4 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC007319.1-201ENST00000453517 802 ntTSL 3 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC005586.1-201ENST00000488310 577 ntTSL 4 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC093627.5-203ENST00000497320 746 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC133961.1-201ENST00000503085 762 ntTSL 3 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 CHTF8-207ENST00000520529 475 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 TPD52L1-208ENST00000528193 789 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 MRPL49-209ENST00000534078 518 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC005730.2-201ENST00000564549 1184 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 MT1H-202ENST00000569155 697 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC024361.2-201ENST00000574471 898 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 DRG2-220ENST00000583355 891 ntTSL 3 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AP001029.1-201ENST00000589843 168 ntTSL 3 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC011479.1-202ENST00000591889 528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC103810.10-201ENST00000606504 343 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC021016.3-201ENST00000608367 477 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 CRISPLD2-209ENST00000567845 2178 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 FAM78A-203ENST00000372271 3966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 NCF2-201ENST00000367535 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 EPB42-210ENST00000622454 2227 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 ELN-209ENST00000380576 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 FIBCD1-204ENST00000448616 3119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 TBR1-201ENST00000389554 4009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 DNM3-208ENST00000627582 7625 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 SUOX-202ENST00000356124 2306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 TCF3-202ENST00000344749 4289 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 BARX1-AS1-201ENST00000453045 1445 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 KLHL13-209ENST00000545703 3322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 SCML4-201ENST00000369020 1491 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC061965.1-201ENST00000560524 1465 ntBASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 SEC14L3-204ENST00000403066 2474 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 PPP1R10-201ENST00000376511 4525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 SNHG28-201ENST00000368102 2501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 XRRA1-207ENST00000527087 2505 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 KAZN-205ENST00000400798 3643 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 CYB5D2-203ENST00000575251 1588 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 KRT33B-201ENST00000251646 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 CFAP65-203ENST00000409865 2769 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 WARS2-201ENST00000235521 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 SRRM4-201ENST00000267260 8477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 PPP1R11-205ENST00000376772 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 SELENOV-202ENST00000423711 1701 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 ALAS2-202ENST00000335854 1795 ntTSL 2 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 LINC02048-201ENST00000440556 1771 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 HYOU1-219ENST00000614711 3057 ntTSL 5 BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 DPP8-202ENST00000321147 3125 ntTSL 1 (best) BASIC11.49□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 SPATS2-223ENST00000553127 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 ERI1-209ENST00000523898 5036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 RHOH-224ENST00000622175 2254 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 CCDC187-204ENST00000624277 3918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 BHLHE40-AS1-204ENST00000620618 2355 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 HSPA12A-201ENST00000369209 5722 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 SLC5A8-201ENST00000536262 4178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 PFKP-203ENST00000381125 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 CLCN4-203ENST00000421085 6534 ntTSL 5 BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 CDH16-201ENST00000299752 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 KDM7A-201ENST00000397560 9272 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 NLRP7-207ENST00000590030 3209 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AP002761.4-201ENST00000565433 3361 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 RRM2B-211ENST00000621845 3483 ntTSL 2 BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 DPM3-202ENST00000368399 517 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC103592.1-201ENST00000394513 664 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 NSUN5P1-203ENST00000422386 972 ntTSL 1 (best) BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC11.48□□□□□ -0.57
PDLIM3Q53GG5 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC11.48□□□□□ -0.57
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