Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BCAR1-208ENST00000542031 2846 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 LAS1L-202ENST00000374807 2386 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FKBP9-214ENST00000538336 3621 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 LDLRAD4-AS1-201ENST00000588672 2190 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 KCTD20-210ENST00000536244 5345 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 NKIRAS2-201ENST00000307641 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 NFATC2-207ENST00000610033 2740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 TFCP2-201ENST00000257915 3546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FPR2-203ENST00000598953 1544 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 LINC00388-201ENST00000412714 663 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 RPL38-202ENST00000439590 431 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 LAMTOR5-203ENST00000474861 1154 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC117834.1-201ENST00000523197 602 ntTSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC100858.2-201ENST00000531948 487 ntTSL 3 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 IMMP1L-213ENST00000533642 314 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC063924.1-201ENST00000546680 673 ntBASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PEX11A-204ENST00000561224 529 ntTSL 4 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 GACAT2-201ENST00000579368 818 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 COG6-212ENST00000630730 186 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AGAP5-201ENST00000374094 2394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FAM114A2-211ENST00000520667 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CLCN7-201ENST00000262318 3717 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 STPG4-201ENST00000294947 1621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PIGG-202ENST00000383028 2787 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 TPST2-201ENST00000338754 5697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 MEAF6-203ENST00000373074 2005 ntTSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 IL17RD-203ENST00000463523 2348 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 EML1-203ENST00000334192 4064 ntTSL 5 BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ABCG8-201ENST00000272286 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FAM219A-209ENST00000445726 3644 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 IL2RG-203ENST00000374202 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 UBE2J1-201ENST00000435041 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 NEK4-207ENST00000535191 2452 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 OSBPL2-201ENST00000313733 4009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 POP5-201ENST00000341039 913 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 MYH9-202ENST00000401701 789 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 HNRNPABP1-201ENST00000406003 734 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 MACROD2-204ENST00000407045 727 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AL357033.2-201ENST00000430184 739 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 C3orf84-201ENST00000432035 669 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC004910.1-201ENST00000433493 787 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 LINC01823-204ENST00000438722 794 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 C10orf90-207ENST00000480379 1012 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PTPN20-229ENST00000513756 640 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC103876.1-203ENST00000565495 290 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 RDM1-216ENST00000613308 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC015912.3-201ENST00000619432 348 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC099795.2-201ENST00000639582 440 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FAM156A-223ENST00000623782 1931 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CD9-212ENST00000610354 1315 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 YAP1P1-201ENST00000401504 1393 ntBASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ANKRD13B-201ENST00000394859 3214 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 TOX2-202ENST00000358131 2605 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SPATS2L-209ENST00000409988 2698 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CASP2-201ENST00000310447 4225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PITPNB-201ENST00000320996 2826 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PPP6R2-203ENST00000395741 3304 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 HACE1-201ENST00000262903 4576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FAM76A-202ENST00000234549 992 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 PHYHD1-203ENST00000372592 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 C9orf24-202ENST00000379124 648 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 MRPL48-203ENST00000398483 1058 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
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TCOF1Q13428 LINC01678-202ENST00000424921 475 ntTSL 3 BASIC19.86■□□□□ 0.77
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TCOF1Q13428 RN7SL363P-201ENST00000482412 273 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
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TCOF1Q13428 MYCBP-203ENST00000494695 750 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FAM76A-207ENST00000530324 1027 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC073610.2-201ENST00000537495 406 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 BCL2L2-PABPN1-201ENST00000553781 1241 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 RN7SL202P-201ENST00000584410 262 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC104440.1-201ENST00000605010 343 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 GATA3-202ENST00000379328 3078 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SPIDR-201ENST00000297423 3988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SLC26A5-203ENST00000354356 2686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CNPY1-203ENST00000636372 2259 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CLP1-202ENST00000525602 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC090403.1-201ENST00000584546 1352 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 CACNA2D3-202ENST00000415676 3661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 SMG6-203ENST00000536871 1865 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC105206.1-202ENST00000314927 2368 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 L3MBTL1-204ENST00000418998 3365 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 TMEM130-201ENST00000339375 3015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ACIN1-203ENST00000357481 2563 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 TRAF3IP3-204ENST00000367026 2058 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 ZNF684-203ENST00000372699 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 FAM27E3-201ENST00000418795 1593 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 TRMT1-202ENST00000357720 2142 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 GFRA2-202ENST00000517328 2104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 AC073488.1-201ENST00000416620 1600 ntBASIC19.86■□□□□ 0.77
TCOF1Q13428 RNASEH2C-201ENST00000308418 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
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