Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AL022332.1-202ENST00000432495 426 ntTSL 3 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 KCNK16-204ENST00000437525 981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ALKBH2-203ENST00000440112 574 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AC069208.1-205ENST00000456299 576 ntTSL 4 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 C21orf62-204ENST00000490358 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MRPL49-209ENST00000534078 518 ntTSL 2 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AL162632.1-201ENST00000546784 548 ntTSL 4 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AL118516.1-201ENST00000564152 670 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 PPCDC-206ENST00000564923 757 ntTSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AC005777.1-201ENST00000588332 187 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AC006548.2-201ENST00000605217 529 ntBASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ANKRD36C-208ENST00000619511 737 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ZFP28-204ENST00000591844 3475 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CDK16-202ENST00000357227 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 PCDHGA5-201ENST00000518069 4602 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 RIOX2-202ENST00000360258 2232 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 YPEL4-201ENST00000300022 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SCN2B-201ENST00000278947 5826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 GCLM-204ENST00000615724 3008 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SCOC-210ENST00000608372 5129 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 HTR3E-205ENST00000436361 1371 ntTSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-211ENST00000503485 6768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AC239799.1-201ENST00000612520 3411 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.44□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 DLGAP1-205ENST00000400150 5332 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 COL6A3-202ENST00000347401 8625 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 COL6A3-209ENST00000472056 8628 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SLC19A1-201ENST00000311124 3811 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 DCAF8-201ENST00000326837 3972 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MAGEH1-201ENST00000342972 1462 ntAPPRIS P1 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ERLIN1-202ENST00000407654 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CCDC117-202ENST00000421503 3766 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 WNT5A-201ENST00000264634 6176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 KCNMA1-210ENST00000404771 4014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ADAT1-201ENST00000307921 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TMC8-201ENST00000318430 4411 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 HIST1H2BJ-201ENST00000339812 381 ntAPPRIS P1 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 GNG4-202ENST00000366598 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 G0S2-201ENST00000367029 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 NPPA-202ENST00000376480 855 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 RPA3-202ENST00000396682 847 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 DKKL1P1-201ENST00000400550 698 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 VPREB1-202ENST00000403807 755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ACTBP14-201ENST00000411655 1089 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 FAM21EP-201ENST00000417804 985 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AP000244.1-201ENST00000424582 201 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MARK3-205ENST00000429436 3371 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AC147651.3-201ENST00000429872 731 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 EEF1DP2-201ENST00000433698 843 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AL353658.1-201ENST00000436263 789 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AK2P2-201ENST00000439142 405 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 DDX39AP1-201ENST00000445147 1181 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MUSTN1-202ENST00000486659 622 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CD81-209ENST00000492627 886 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TRPC7-AS1-201ENST00000514459 460 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AC026191.1-204ENST00000517846 608 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TPP1-209ENST00000528657 578 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 BAK1P2-201ENST00000532665 631 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AC012158.2-201ENST00000536546 354 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TUBB3-208ENST00000555576 572 ntTSL 4 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MT3-202ENST00000561640 514 ntTSL 3 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ZNF75A-205ENST00000574298 2347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SDR42E2-201ENST00000602312 2630 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 NPPA-203ENST00000610706 849 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 RNF34-211ENST00000613529 1449 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CCL3L3-203ENST00000619989 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SLC8A2-203ENST00000542837 3603 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SLC37A3-201ENST00000326232 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TYK2-210ENST00000529370 3176 ntTSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 NFS1-203ENST00000374092 3012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SYBU-206ENST00000424158 3007 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 RAB6B-201ENST00000285208 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 GOLGA8IP-202ENST00000611635 2100 ntBASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 MAX-219ENST00000618858 2141 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 DDR1-225ENST00000376568 3894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ANGPTL2-202ENST00000373425 3707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 FSIP1-201ENST00000350221 2805 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CRISP2-201ENST00000339139 1382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SHANK2-202ENST00000357171 1373 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SLC27A3-201ENST00000271857 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 RIPOR3-202ENST00000327979 4377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 FGGY-204ENST00000371218 2052 ntTSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AL357054.3-201ENST00000607084 2055 ntTSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 KHDRBS1-202ENST00000327300 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 NXF1-213ENST00000532297 2795 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TNNI1-201ENST00000336092 1750 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.43□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 NELFA-202ENST00000382882 3343 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CKMT2-203ENST00000437669 1479 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TMEM56-RWDD3-202ENST00000604534 1491 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 LIMS4-204ENST00000632897 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CUL2-210ENST00000626172 4115 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 KATNBL1-201ENST00000256544 2723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 TMEM145-203ENST00000598766 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 DHRS7-209ENST00000557185 1322 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 RCSD1-202ENST00000367854 3135 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 GRHL1-202ENST00000405379 1881 ntTSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 SEMA7A-202ENST00000542748 3228 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 ZNF318-201ENST00000361428 8006 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AL928654.5-201ENST00000624831 2501 ntBASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 AC020659.1-201ENST00000309874 2900 ntTSL 2 BASIC13.42□□□□□ -0.26
CCDC3Q9BQI4 CERCAM-214ENST00000613052 1429 ntTSL 5 BASIC13.42□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 108.9 ms