Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 WSCD2-201ENST00000332082 4710 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MKNK1-201ENST00000341183 2612 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ITIH5-201ENST00000397145 3132 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 Z83844.1-201ENST00000455236 4904 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ELOVL6-201ENST00000302274 3090 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MCM7-213ENST00000621318 3084 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CEP85L-203ENST00000368491 7673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 JADE1-209ENST00000511647 3560 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FLT3LG-201ENST00000204637 1046 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 SS18L1-202ENST00000370848 1238 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FAM27C-201ENST00000377542 616 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 EIF1AX-201ENST00000379593 765 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AK6-201ENST00000380818 1183 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL589935.1-203ENST00000412751 465 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 IFNL3-201ENST00000413851 656 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 SF3B1-204ENST00000414963 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PARVG-202ENST00000415224 999 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 RPL28-204ENST00000431533 590 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 GGTLC2-202ENST00000448514 678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL139010.1-202ENST00000452528 1041 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 HOXB-AS3-206ENST00000474040 741 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC106760.1-201ENST00000508690 800 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MUTYH-237ENST00000531105 501 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC021054.1-202ENST00000543884 599 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ATF7-204ENST00000548118 774 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 RPL28-206ENST00000558752 671 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC016727.1-204ENST00000578974 420 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 C17orf62-239ENST00000585080 741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC073389.2-202ENST00000607450 441 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FAM171B-202ENST00000612606 940 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC015967.2-201ENST00000624092 234 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC006435.4-201ENST00000625037 234 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PFAS-212ENST00000625942 396 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL356737.1-201ENST00000634391 234 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 GLB1L-203ENST00000409640 2042 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TJAP1-202ENST00000372444 2778 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TJAP1-203ENST00000372445 2751 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CASC4-202ENST00000345795 3764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CACNA1G-218ENST00000507510 7014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TBX3-201ENST00000257566 4208 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CASC15-204ENST00000606197 3969 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PSMD12-201ENST00000356126 4406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TCF3-220ENST00000611869 4409 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP33-203ENST00000314737 3858 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CPLX4-202ENST00000587244 1916 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL845472.1-202ENST00000624675 4080 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PLEKHG6-201ENST00000011684 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PPP1R11-204ENST00000376769 1689 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 SVOPL-203ENST00000421622 1653 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 LGR6-203ENST00000367278 3567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 DGCR2-206ENST00000545799 4484 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 INHBA-201ENST00000242208 6064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 SLC23A1-202ENST00000353963 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 COLEC11-203ENST00000382062 1633 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 SNX14-201ENST00000314673 3486 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TBC1D13-202ENST00000372648 3906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 REST-208ENST00000619101 7114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 EFHD1-203ENST00000409708 1817 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ITFG1-204ENST00000544001 1849 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PLOD3-201ENST00000223127 2920 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 NRF1-202ENST00000311967 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PSMC5-209ENST00000580864 1552 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 DUSP22-211ENST00000604971 3824 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ANTXR2-203ENST00000403729 8273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 KRT42P-201ENST00000398469 2864 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 UROD-201ENST00000246337 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FLJ30679-201ENST00000624773 1980 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 PPP4R3B-206ENST00000616407 4385 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 TTC39A-202ENST00000262676 6287 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 YWHAB-201ENST00000353703 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 EGFLAM-204ENST00000397202 2398 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 NCBP1-202ENST00000375147 5178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 USP33-203ENST00000370793 4502 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 IKZF1-203ENST00000346667 5376 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 ETAA1-201ENST00000272342 3418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 RETN-201ENST00000221515 520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 SP7-201ENST00000303846 2971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 FGF14-202ENST00000376143 744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MXI1-205ENST00000393134 889 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 BOLA2P3-201ENST00000404566 256 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 SUMO1-204ENST00000409181 784 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 SUMO1-207ENST00000409498 779 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 NREP-204ENST00000419114 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 RGS5-214ENST00000429865 754 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 HNRNPA1P2-207ENST00000432375 960 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC114730.3-201ENST00000435195 584 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 OAZ3-203ENST00000453029 729 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC078785.1-201ENST00000496389 734 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MIR5189-201ENST00000577370 114 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 AC010327.1-201ENST00000587871 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 CCDC3-202ENST00000378839 3180 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 MED15-201ENST00000263205 3351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CCDC112Q8NEF3 STARD8-203ENST00000374599 4841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.6 ms