Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
USP3Q9Y6I4 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 SAP25-203ENST00000614631 987 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP3Q9Y6I4 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP3Q9Y6I4 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 82.2 ms