Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC21.12■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC21.1■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
ATG4BQ9Y4P1 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 CRTAC1-202ENST00000370591 2348 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC21.05■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.05■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.05■□□□□ 0.96
ATG4BQ9Y4P1 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.05■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.5 ms