Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 C5orf58-204ENST00000521850 2113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 FAM43A-201ENST00000329759 2494 ntAPPRIS P1 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 SLC30A5-201ENST00000380860 1317 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 TRAP1-202ENST00000538171 2052 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 CENPH-201ENST00000283006 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
VPS28Q9UK41 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 WTAP-201ENST00000337387 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
VPS28Q9UK41 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.5 ms