Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
LIMD1Q9UGP4 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 SMIM19-203ENST00000417410 1466 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 AURKAIP1-204ENST00000378853 875 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIMD1Q9UGP4 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 RTL8C-201ENST00000257013 1181 ntAPPRIS P1 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIMD1Q9UGP4 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.1 ms