Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0I3

CCDC113, Coiled-coil domain-containing protein 113, humanhuman

Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC113Q9H0I3 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 CDKN2A-206ENST00000494262 989 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC113Q9H0I3 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 AC091982.4-201ENST00000623943 726 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 AC004707.1-201ENST00000511627 715 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC113Q9H0I3 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms