Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 ATP10A-207ENST00000619904 988 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 HUNK-201ENST00000270112 7385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 GP1BB-201ENST00000366425 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
CLIP3Q96DZ5 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC21.33■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
CLIP3Q96DZ5 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms