Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 WHAMM-201ENST00000286760 5101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
TRIM40Q6P9F5 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 TMEM218-215ENST00000532407 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC21.31■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
TRIM40Q6P9F5 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms