Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 BAZ1A-201ENST00000358716 5920 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC40Q4G0X9 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 MAGI2-202ENST00000419488 6800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC40Q4G0X9 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.4 ms