Protein–RNA interactions for Protein: P55344

LIM2, Lens fiber membrane intrinsic protein, humanhuman

Predictions only

Length 173 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIM2P55344 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.2■□□□□ 0.98
LIM2P55344 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIM2P55344 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIM2P55344 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIM2P55344 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIM2P55344 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIM2P55344 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIM2P55344 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIM2P55344 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
LIM2P55344 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
LIM2P55344 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIM2P55344 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIM2P55344 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIM2P55344 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIM2P55344 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIM2P55344 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIM2P55344 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIM2P55344 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIM2P55344 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
LIM2P55344 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
LIM2P55344 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIM2P55344 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIM2P55344 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
LIM2P55344 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIM2P55344 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIM2P55344 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
LIM2P55344 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIM2P55344 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
LIM2P55344 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
LIM2P55344 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIM2P55344 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
LIM2P55344 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIM2P55344 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
LIM2P55344 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIM2P55344 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIM2P55344 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIM2P55344 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIM2P55344 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIM2P55344 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIM2P55344 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIM2P55344 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIM2P55344 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIM2P55344 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
LIM2P55344 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIM2P55344 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIM2P55344 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIM2P55344 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIM2P55344 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIM2P55344 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIM2P55344 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.13■□□□□ 0.97
LIM2P55344 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
LIM2P55344 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIM2P55344 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIM2P55344 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIM2P55344 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIM2P55344 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
LIM2P55344 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIM2P55344 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIM2P55344 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
LIM2P55344 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.9 ms