Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RNF182-208ENST00000544682 3495 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TMEM9-203ENST00000367333 1564 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ASXL1-201ENST00000306058 6591 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 SETD6-203ENST00000394266 3423 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 CEP131-208ENST00000575907 3444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ETV4-202ENST00000393664 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RGS3-208ENST00000394646 2716 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RBL1-202ENST00000373664 5684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 HOXC11-202ENST00000546378 3261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 APBB1-203ENST00000389906 2684 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3-201ENST00000620215 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3C-201ENST00000622206 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PAIP2-201ENST00000265192 1459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 NIN-206ENST00000453196 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AMER3-202ENST00000423981 6172 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 IL6R-201ENST00000344086 3217 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PRKAB1-201ENST00000229328 2610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 YIPF6-201ENST00000374622 6134 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 CSAD-203ENST00000379846 1962 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PCK2-203ENST00000545054 2505 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TCF4-248ENST00000616053 8140 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 GSE1-201ENST00000253458 7495 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 EPHB1-201ENST00000398015 4672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 DNMT3L-204ENST00000628202 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TMEM139-201ENST00000359333 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 SSR4-202ENST00000370085 526 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 SURF4-203ENST00000371991 715 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 KRTAP10-5-201ENST00000400372 1150 ntAPPRIS P1 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AP002856.2-201ENST00000416553 584 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AL158166.1-201ENST00000433110 371 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC006372.2-201ENST00000433660 292 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AL355537.2-201ENST00000453367 375 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 MRPL43-211ENST00000477279 903 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ALG1L3P-201ENST00000503331 765 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 COQ10BP2-201ENST00000513804 724 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 FXYD6-FXYD2-201ENST00000532984 670 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 FANCA-205ENST00000543736 1000 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ORMDL2-205ENST00000552672 760 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 CES1P2-201ENST00000566467 1242 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC005323.2-202ENST00000581304 493 ntTSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RN7SL596P-201ENST00000582123 288 ntBASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 MIA-206ENST00000597784 455 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AL135936.1-201ENST00000617956 998 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 UBOX5-AS1-201ENST00000446537 1792 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 GPR132-203ENST00000539291 2779 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 NEFH-201ENST00000310624 3783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TNIP1-214ENST00000522226 2238 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ABCB8-202ENST00000358849 4683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RRAGD-201ENST00000359203 4042 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 SLC39A8-203ENST00000424970 4032 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AP002851.1-201ENST00000640504 2130 ntTSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PHTF2-206ENST00000422959 3525 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ADAMTSL4-203ENST00000369039 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 LANCL1-205ENST00000443314 4781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PSIP1-204ENST00000380738 3364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
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CCDC3Q9BQI4 DHX37-201ENST00000308736 4550 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 MAP3K11-208ENST00000530153 2830 ntTSL 2 BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 KIAA0895-203ENST00000338533 4132 ntTSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PAAF1-201ENST00000310571 4994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 SLC19A2-201ENST00000236137 3671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.49□□□□□ -0.25
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CCDC3Q9BQI4 HCFC2-201ENST00000229330 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PTBP1-201ENST00000349038 3155 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
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CCDC3Q9BQI4 SPIDR-201ENST00000297423 3988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
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CCDC3Q9BQI4 HPSE2-206ENST00000628193 1760 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AL109809.1-201ENST00000418979 1367 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RERE-202ENST00000377464 6733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 DACT3-AS1-201ENST00000500689 1304 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC068987.4-201ENST00000562343 2094 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ANKMY1-203ENST00000373318 2449 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 LINC00910-206ENST00000592135 2438 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 DUOX2-201ENST00000389039 6533 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 SERF1B-204ENST00000506542 1666 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS6-203ENST00000406725 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 WDR46-231ENST00000374617 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 KCNK18-201ENST00000334549 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 COX20P1-201ENST00000366529 357 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RGR-203ENST00000372092 868 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 CTNNBIP1-201ENST00000377256 451 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 PCLAF-202ENST00000380258 911 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 ABCD1P4-201ENST00000399687 604 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 MIR1301-201ENST00000408518 82 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC073210.1-201ENST00000414799 232 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 BPIFB5P-201ENST00000457066 1099 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 FAM3D-AS1-201ENST00000464125 821 ntTSL 3 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 AC063952.3-201ENST00000467756 308 ntBASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 IGKV1D-43-201ENST00000468879 532 ntAPPRIS P1 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 LRRC75A-AS1-213ENST00000484836 821 ntTSL 2 BASIC13.48□□□□□ -0.25
CCDC3Q9BQI4 RORA-AS1-201ENST00000501579 761 ntTSL 5 BASIC13.48□□□□□ -0.25
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