Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 BPIFB6-201ENST00000349552 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 PODN-202ENST00000371500 3287 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 GCM2-201ENST00000379491 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC069281.2-201ENST00000485071 4401 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 FSIP1-201ENST00000350221 2805 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 MSH2-206ENST00000543555 3024 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 NUTM2G-201ENST00000354649 2851 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 DDR1-271ENST00000513240 2882 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 HTR4-203ENST00000377888 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ZC3HAV1-204ENST00000471652 3182 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 UGT3A1-203ENST00000503189 1902 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RSPH9-201ENST00000372163 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ZNF384-204ENST00000396801 3008 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RPS23-201ENST00000296674 3437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 KDM2B-205ENST00000536437 2762 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC130686.1-201ENST00000622936 2466 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 LTBP1-203ENST00000404816 6333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 HORMAD1-202ENST00000361824 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 VOPP1-206ENST00000428097 1671 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AL355102.3-201ENST00000554299 1678 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CD74-203ENST00000377795 1138 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CLIC1-209ENST00000395892 1197 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ATP5J-204ENST00000400093 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 OR2T32P-201ENST00000403423 963 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RN7SKP102-201ENST00000411186 315 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 PDLIM2-212ENST00000443561 701 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RPSAP16-201ENST00000447583 821 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC002996.1-201ENST00000546840 784 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SNRPF-205ENST00000553192 552 ntTSL 4 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AL031710.1-201ENST00000570022 468 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ACTBP9-201ENST00000587663 1099 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AL035427.1-201ENST00000602441 387 ntTSL 3 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 OR3A1-202ENST00000615105 966 ntBASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC027796.3-201ENST00000572919 4753 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 XRCC1-201ENST00000262887 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ADCY7-208ENST00000566433 2535 ntTSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 MAD2L1BP-201ENST00000372171 1301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SIGLEC20P-201ENST00000595243 1311 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 XRN1-203ENST00000463916 2075 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SAP18-208ENST00000621421 2300 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 UROC1-201ENST00000290868 3149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 STK24-203ENST00000397517 4578 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 TIMP1-201ENST00000218388 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 TIMP1-202ENST00000377017 626 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 FOLR1-204ENST00000393681 1061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 GAPDHP29-201ENST00000429913 985 ntBASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AL359458.1-201ENST00000430821 400 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
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TCOF1Q13428 LINC02130-201ENST00000566054 518 ntTSL 2 BASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SHBG-217ENST00000576478 639 ntTSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SMIM22-206ENST00000589327 629 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.16■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 NEAT1-204ENST00000612303 572 ntTSL 3 BASIC20.16■□□□□ 0.82
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TCOF1Q13428 LINC01012-203ENST00000628762 743 ntTSL 5 BASIC20.16■□□□□ 0.82
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TCOF1Q13428 CFAP43-201ENST00000278064 2963 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 HTR7-203ENST00000371719 3033 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 PCGF3-201ENST00000362003 5685 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
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TCOF1Q13428 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CD44-203ENST00000278386 484 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 MYL4-202ENST00000393450 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AL356653.1-201ENST00000402743 360 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RN7SKP212-201ENST00000410851 328 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC016730.1-201ENST00000420828 832 ntTSL 2 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 IQCF4-203ENST00000428561 420 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 KRT19P4-201ENST00000443208 943 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RBM14-205ENST00000443702 732 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RPS15P5-201ENST00000449885 432 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AP000533.1-201ENST00000456143 1177 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC005096.1-201ENST00000560499 622 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RN7SL480P-201ENST00000581481 294 ntBASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SNX20-205ENST00000610485 557 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SRP19-208ENST00000621420 1270 ntTSL 3 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CBR3-AS1-210ENST00000623484 392 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CBR3-AS1-215ENST00000624086 594 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 AC005609.5-201ENST00000624712 1053 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 CCDC32-215ENST00000625629 801 ntTSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 OPRL1-202ENST00000349451 3369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 RBM4-201ENST00000310092 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 TRIM39-RPP21-201ENST00000623385 1698 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 HTR7-202ENST00000336152 3126 ntTSL 1 (best) BASIC20.15■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 ZSCAN32-215ENST00000618425 2788 ntTSL 2 BASIC20.14■□□□□ 0.82
TCOF1Q13428 SLC25A21-AS1-201ENST00000556667 1924 ntBASIC20.14■□□□□ 0.81
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