Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 ADAM33-207ENST00000619289 3195 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 RSPO3-201ENST00000356698 2697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 ERAL1-201ENST00000254928 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 DHX16-201ENST00000376437 1933 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 PDE2A-203ENST00000418754 2855 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SSTR1-201ENST00000267377 4295 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 POLL-205ENST00000370169 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AC007431.1-201ENST00000578662 1412 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 RNF222-202ENST00000399398 3062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 CYP2J2-201ENST00000371204 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 UBTF-209ENST00000529383 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SLC4A8-204ENST00000514353 3041 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 NIT1-202ENST00000368008 2081 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 CPNE5-202ENST00000393189 2542 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 CAMSAP1-203ENST00000409386 5730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 CCNC-210ENST00000520429 2473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AC073862.5-201ENST00000624129 2027 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SFI1-209ENST00000443011 3579 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 UBOX5-AS1-201ENST00000446537 1792 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 KIAA2026-201ENST00000381461 6884 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 ICA1-207ENST00000406470 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 B3GNT7-201ENST00000287590 3706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 MSH2-206ENST00000543555 3024 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 KRT26-201ENST00000335552 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 YTHDF3-216ENST00000623280 5193 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 GAP43-202ENST00000393780 1901 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AC093899.2-201ENST00000513963 1935 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 ARMC5-202ENST00000408912 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 PKN1-202ENST00000342216 2960 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 UQCC2-201ENST00000374214 432 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 IFNLR1-203ENST00000374418 674 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AP000354.1-201ENST00000396982 456 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AC108734.2-201ENST00000420887 1069 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 IGF1-205ENST00000424202 612 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SOX2-OT-209ENST00000485035 561 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AC084752.1-201ENST00000509766 622 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AC011383.1-201ENST00000517474 617 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AC020636.2-201ENST00000569170 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 LINC02081-203ENST00000591384 867 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SOX2-OT-222ENST00000595084 853 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SOX2-OT-232ENST00000600386 792 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 KRT37-201ENST00000225550 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 RMND5B-212ENST00000542098 1681 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 NOBOX-201ENST00000467773 2076 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 C17orf53-201ENST00000245382 2272 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 RET-201ENST00000340058 4149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 TSPAN11-201ENST00000261177 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 TP53I11-201ENST00000308212 3683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 C3-201ENST00000245907 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 PCK2-208ENST00000559250 1804 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 HOXA1-202ENST00000355633 2016 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 TRMT10B-202ENST00000377753 2027 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AAR2-201ENST00000320849 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 DLGAP1-AS1-201ENST00000317114 1966 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 GPN1-211ENST00000610189 1778 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 NDC1-201ENST00000371429 5134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 RPS6KA4-202ENST00000528057 3121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 ARHGEF9-230ENST00000637178 2145 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SRPRA-201ENST00000332118 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 CDH20-202ENST00000536675 2855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 CRCP-203ENST00000395326 3009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 CLCN1-201ENST00000343257 3172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 PTCD2-207ENST00000503868 1653 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AC004706.4-201ENST00000634965 3537 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 TIE1-201ENST00000372476 3882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 APBB3-205ENST00000412920 1455 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 LRRN1-201ENST00000319331 3823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SPATA8-201ENST00000328504 1083 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AK1-202ENST00000373156 757 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SERF2-206ENST00000409291 807 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SNX3-204ENST00000426155 1072 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 NUBP1-202ENST00000433392 1185 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 LINC00211-203ENST00000446799 662 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 OAZ3-203ENST00000453029 729 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 BAK1P2-201ENST00000532665 631 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AC026583.1-201ENST00000561310 569 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AC005154.1-232ENST00000582549 556 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 TUBB6-214ENST00000592683 481 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 NOP16-211ENST00000621444 954 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 ISLR-202ENST00000395118 2175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 ADSL-201ENST00000216194 1620 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SNHG28-201ENST00000368102 2501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AL139193.2-201ENST00000553712 1954 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SEMA3F-202ENST00000413852 3212 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 DACH1-204ENST00000620444 4627 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 TSPEAR-AS1-202ENST00000451035 2108 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 CORO7-201ENST00000251166 3540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AATBC-201ENST00000400385 4598 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 LILRA1-201ENST00000251372 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 PLAT-203ENST00000429089 2599 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 AKNA-206ENST00000374088 5464 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 SLC1A5-202ENST00000434726 1872 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 C9orf152-201ENST00000400613 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 NAALADL1-201ENST00000340252 2376 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 ADD1-207ENST00000446856 3745 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 PRF1-202ENST00000441259 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 NTN4-203ENST00000538383 1971 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 ATP2B3-204ENST00000370186 6742 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
SMARCA1P28370 PDPK1-201ENST00000268673 4728 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.4 ms