Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 FAM86C1-201ENST00000346333 2010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 COQ3-201ENST00000254759 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC026748.1-201ENST00000624349 3251 ntBASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 DISC1-206ENST00000366637 6848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SPTBN2-204ENST00000529997 8085 ntTSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TMEM104-201ENST00000335464 4745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PRDM15-207ENST00000447207 4928 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SYT1-204ENST00000457153 4592 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 S100PBP-203ENST00000373476 3320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.59□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SUGP2-202ENST00000337018 3640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA4-201ENST00000263265 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 GID4-201ENST00000268719 4237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 MKNK1-204ENST00000371946 2719 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC9-202ENST00000440804 1960 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TSPAN18-207ENST00000520358 3316 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 NCF4-202ENST00000397147 1641 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC008894.2-201ENST00000597983 2987 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PLXNC1-202ENST00000545312 1813 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ABR-228ENST00000574437 3196 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 GAS2L1-209ENST00000618518 3382 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 OR7E115P-201ENST00000382617 1024 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 LINC01022-201ENST00000415652 394 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HORMAD2-AS1-202ENST00000432568 727 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SGO1-AS1-201ENST00000441442 499 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 KRT18P15-201ENST00000458108 1291 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC008026.2-201ENST00000495438 348 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PRSS3P1-201ENST00000503996 742 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC105390.1-201ENST00000511330 560 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PRB3-202ENST00000538488 1283 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC011921.1-201ENST00000559739 557 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AP005264.6-204ENST00000588436 719 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC244250.3-201ENST00000620749 366 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 GLUD1P2-203ENST00000631118 486 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 C1orf232-202ENST00000635463 466 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TTC23L-209ENST00000638320 1185 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 KIAA1683-209ENST00000612316 2684 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 NCAPG-201ENST00000251496 4661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF283-209ENST00000618787 5713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 GP1BA-202ENST00000611961 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 VAC14-AS1-201ENST00000398177 2145 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 MARK2-206ENST00000425897 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TMEM9-202ENST00000367332 1544 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 NTF3-202ENST00000423158 1336 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 GUF1-201ENST00000281543 4449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ITPR2-202ENST00000381340 11405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PLA2G16-201ENST00000323646 2594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CASC2-202ENST00000426021 3232 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PXN-221ENST00000637617 3246 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SSBP2-220ENST00000615665 4465 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TBC1D27-202ENST00000424239 1573 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RASSF6-202ENST00000335049 1360 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 FUCA1P1-201ENST00000374476 1351 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PAX6-264ENST00000640125 1375 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 WDR20-202ENST00000322340 3060 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ADORA1-201ENST00000309502 2896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TRIT1-214ENST00000537440 2026 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CDK11A-201ENST00000356200 2653 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PTPRN-201ENST00000295718 3784 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF100-201ENST00000305570 2283 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CDH1-213ENST00000612417 2068 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC138761.6-201ENST00000583997 1423 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SCN8A-202ENST00000355133 5820 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 C16orf45-202ENST00000452191 1865 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ETNPPL-206ENST00000510706 1692 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC006450.3-201ENST00000453529 2146 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC099548.2-204ENST00000481651 2106 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PLCB3-202ENST00000325234 3946 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RASGEF1C-202ENST00000393371 2395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HSPA7-201ENST00000445535 1927 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ZHX1-202ENST00000395571 5108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CRACR2A-201ENST00000252322 2186 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 IL3RA-201ENST00000331035 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ZFAND6-222ENST00000613266 1729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SPOUT1-201ENST00000361256 4286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HCG9-201ENST00000376800 663 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 HTATIP2-202ENST00000421577 886 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RN7SL494P-201ENST00000461517 304 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PPOX-204ENST00000462866 473 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC004889.1-205ENST00000493248 531 ntTSL 4 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 OR2A1-AS1-210ENST00000496968 531 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC022858.1-202ENST00000521084 393 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ADM-203ENST00000525063 867 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC010186.1-201ENST00000546259 532 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 DUXAP9-201ENST00000547220 665 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AL132994.1-201ENST00000554098 400 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ARL17B-203ENST00000570618 1140 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 TRMT112P3-201ENST00000580149 358 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC005154.1-232ENST00000582549 556 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC055811.3-201ENST00000584952 686 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AP005131.2-201ENST00000589045 487 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC005498.2-204ENST00000590613 413 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 AC093567.1-201ENST00000590649 877 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 MIR6746-201ENST00000620971 63 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 RTF1-201ENST00000389629 5021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 ABR-202ENST00000302538 5289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 SMG9-201ENST00000270066 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 CYP4F3-201ENST00000221307 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC3Q9BQI4 PAQR3-209ENST00000512733 9811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
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