Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ACTN1-202ENST00000376839 2824 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 UQCRB-201ENST00000287022 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 HOXB13-201ENST00000290295 3467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 TNK2-208ENST00000428187 4235 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 C9orf170-201ENST00000623052 3239 ntTSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SLC13A4-201ENST00000354042 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ADAMTSL4-202ENST00000369038 4167 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 FOXN4-202ENST00000355216 2958 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 LYRM9-202ENST00000379103 1685 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SIRPA-204ENST00000622179 4570 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 NXPE3-201ENST00000273347 3941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 MSH6-210ENST00000540021 3930 ntTSL 2 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SLC47A1-201ENST00000270570 3280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AC092117.1-201ENST00000621230 3250 ntBASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 TGM2-201ENST00000361475 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 CARHSP1-218ENST00000614449 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.44■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 RGMA-203ENST00000542321 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 POMT1-203ENST00000372228 3123 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 LRRC8A-203ENST00000372600 4355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AL353608.3-202ENST00000429953 4384 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 MDH2-203ENST00000432020 1548 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ARFIP1-203ENST00000405727 1601 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 DCAF5-209ENST00000557386 2883 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 NRXN1-259ENST00000637511 3651 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 PARP3-201ENST00000398755 2336 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SLC16A2-201ENST00000587091 4161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ENDOV-203ENST00000517795 2548 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 FCHO1-221ENST00000597512 2934 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 PLEKHA7-202ENST00000355661 4980 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 CATSPERE-202ENST00000366533 3019 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF1-203ENST00000354532 3243 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 TSN-201ENST00000389682 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 DBNDD2-201ENST00000357275 1036 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SLC18B1-202ENST00000367918 472 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 UBE2I-206ENST00000403747 1217 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 CD8B2-202ENST00000417670 633 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 XG-202ENST00000419513 979 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ATP5G2P4-201ENST00000442175 420 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ST13P19-201ENST00000442505 1124 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AC105362.1-201ENST00000511234 564 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ATG10-207ENST00000513443 978 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 HAUS2-207ENST00000568846 709 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ZNF180-204ENST00000586637 1023 ntTSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AP000229.1-202ENST00000609365 559 ntTSL 4 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 HIST1H4A-201ENST00000617569 312 ntAPPRIS P1 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 GJB5-201ENST00000338513 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ATG10-203ENST00000458350 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 NKX2-1-AS1-201ENST00000521292 1775 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SMPDL3A-201ENST00000368440 1851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 HSPA12A-205ENST00000635765 5841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SLC25A18-202ENST00000399813 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AC010547.1-201ENST00000500612 2793 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 CACNA1G-229ENST00000514181 6795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 VPS54-203ENST00000409558 4337 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 PTPRN-202ENST00000409251 3622 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SLC25A35-203ENST00000579192 2136 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SPO11-203ENST00000371263 1834 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SPAAR-202ENST00000443779 1612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 MAPK10-262ENST00000641051 5738 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SLFNL1-AS1-201ENST00000626479 4800 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 NAP1L1-201ENST00000261182 4441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 DRD2-210ENST00000544518 2473 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 CCDC187-204ENST00000624277 3918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SNX22-201ENST00000325881 3614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ALG11-204ENST00000616513 1983 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 C19orf12-208ENST00000614091 4489 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 RSPO2-201ENST00000276659 3111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 CYYR1-201ENST00000299340 3101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 VENTX-201ENST00000325980 2911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 RERE-202ENST00000377464 6733 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 HMGCS2-201ENST00000369406 2428 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 PAX2-203ENST00000370296 4140 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 PAX2-205ENST00000428433 4126 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 DNAJB12-202ENST00000394903 3198 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SMG9-201ENST00000270066 5510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 GPR176-201ENST00000299092 3844 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 VAPA-201ENST00000340541 1227 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 FANK1-204ENST00000368695 1296 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 PPDPF-201ENST00000370177 627 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SYNGR1-205ENST00000406293 564 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AL512384.1-201ENST00000406683 331 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 ITPR1-AS1-201ENST00000412804 858 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 LINC01756-201ENST00000417651 2148 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 MRAS-205ENST00000474559 856 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AC233724.6-201ENST00000503184 1088 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AC025442.1-201ENST00000521596 481 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
CCDC112Q8NEF3 LINC01759-203ENST00000635271 888 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.1 ms