Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 APBB1IP-202ENST00000376236 2771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AL137077.2-201ENST00000635124 1608 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SLC22A12-202ENST00000377567 2599 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ANKS1B-208ENST00000547010 2595 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 LMAN2L-201ENST00000264963 2397 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ADAM17-204ENST00000618923 1881 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 PRKAR2A-201ENST00000265563 6471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ARPP19-202ENST00000561650 3245 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 PDXDC1-218ENST00000627450 2683 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 TUBD1-202ENST00000340993 1769 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 FXYD6-207ENST00000527717 1799 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 OR6D1P-203ENST00000641209 4860 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 NPNT-211ENST00000506666 2187 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SPATS1-202ENST00000323108 1107 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 EDDM3B-201ENST00000326783 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 KRTAP10-11-201ENST00000334670 1237 ntAPPRIS P1 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SLC35B3-201ENST00000379660 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 MRPL36-201ENST00000382647 587 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SLC25A15P1-201ENST00000456738 342 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 DMKN-244ENST00000480502 820 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SNHG4-204ENST00000507197 865 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SMIM15-202ENST00000507416 584 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AC011676.2-201ENST00000518520 584 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 FAM213AP2-201ENST00000521579 683 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AP002495.1-205ENST00000529513 655 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SLC13A2-205ENST00000545060 1276 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 MYL6-215ENST00000549566 685 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 BIRC5-211ENST00000592734 386 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AP001462.1-201ENST00000594089 452 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ATG9A-204ENST00000409422 2512 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 KRT18P40-201ENST00000599859 1571 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 PDE4A-209ENST00000592685 2707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 LIFR-202ENST00000453190 4253 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 TMEM38A-201ENST00000187762 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AFAP1-203ENST00000382543 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ARVCF-203ENST00000406259 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 LINC00846-201ENST00000334165 1778 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AC004623.1-201ENST00000624592 2127 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 PGM1-202ENST00000371084 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 TMEM74B-201ENST00000381894 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SLC4A2-202ENST00000413384 4142 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 TTLL13P-202ENST00000438251 2738 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AC087521.1-201ENST00000501541 2045 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 PCK2-216ENST00000561286 2012 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SUFU-202ENST00000369902 5001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 HNF4A-206ENST00000457232 1339 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 CAMKK2-204ENST00000392473 2967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 KIRREL2-203ENST00000360202 2942 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 KCNMA1-AS1-201ENST00000426234 863 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AL357140.1-201ENST00000454104 424 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AC022447.5-201ENST00000504817 392 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AP000640.1-201ENST00000525337 879 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 MIEF2-206ENST00000578174 589 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AC025048.4-201ENST00000589740 699 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SMIM26-203ENST00000608034 670 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AL353658.2-201ENST00000629794 519 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 LINC02498-201ENST00000635390 1065 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 RAB31-207ENST00000578921 4055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 RBM22P2-201ENST00000393978 1814 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ARHGEF26-203ENST00000465817 2353 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 KIZ-213ENST00000620891 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SESN3-201ENST00000278499 1710 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ARSG-209ENST00000621439 2599 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 Z98259.1-201ENST00000564261 1697 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 IL12RB1-203ENST00000593993 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ATF4P4-201ENST00000393544 1930 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 CICP9-201ENST00000444451 1913 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 TTC23L-203ENST00000505624 1353 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 PIP5K1B-208ENST00000541509 2664 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 FAM219A-206ENST00000379087 3573 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 IQCF1-201ENST00000310914 695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AC019205.2-201ENST00000442007 1083 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 RN7SL789P-201ENST00000478944 293 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AC008494.1-201ENST00000497612 796 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ISL1-203ENST00000511384 981 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 MBP-230ENST00000528160 584 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ECSIT-211ENST00000592312 1286 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 CSAG3-201ENST00000599845 844 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 CSAG2-203ENST00000638741 844 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 STMN1-206ENST00000455785 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 PP14571-202ENST00000404891 2017 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 CDC42-202ENST00000344548 2256 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 COPS7B-223ENST00000611614 2468 ntTSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 ZNF143-202ENST00000396597 1954 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 AL139193.2-201ENST00000553712 1954 ntTSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 KDSR-202ENST00000406396 5447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 NADSYN1-216ENST00000530055 2416 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 RERG-204ENST00000536465 2134 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.23■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 MLX-202ENST00000346833 2334 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
TCOF1Q13428 SMIM12-206ENST00000521580 3454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
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