Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AC022201.1-201ENST00000452525 577 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC234582.2-201ENST00000455788 568 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC016650.1-201ENST00000502834 708 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC105424.1-201ENST00000514583 209 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 RN7SL678P-201ENST00000579533 299 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 RPS9-213ENST00000626547 476 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC021072.1-201ENST00000635789 835 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SUCLG2-204ENST00000493112 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 USP8-219ENST00000625664 1568 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SEPT4-223ENST00000583114 1709 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 PGAP2-201ENST00000278243 2062 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 APCDD1L-AS1-203ENST00000427140 2092 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 OSGIN1-201ENST00000343939 2391 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 CAPN1-224ENST00000533129 2792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 KDELR2-201ENST00000258739 2884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC073869.1-201ENST00000415574 2762 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 LINC00943-204ENST00000537374 1688 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 IL2RG-203ENST00000374202 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AL138885.2-201ENST00000420389 539 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 LINC01823-204ENST00000438722 794 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SNRPF-205ENST00000553192 552 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 NPTN-205ENST00000563691 1214 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 DDC-201ENST00000357936 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 PPP2R2C-204ENST00000506140 1780 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ITGB7-201ENST00000267082 2867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC073488.1-201ENST00000416620 1600 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 STMN1-206ENST00000455785 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 VWA3B-221ENST00000614454 1542 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CUX1P39880 KRT8P5-201ENST00000592443 1458 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ORC5-203ENST00000447452 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TMPRSS6-204ENST00000406856 3178 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 CKS2-201ENST00000314355 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SVILP1-203ENST00000450581 486 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 JPT1-205ENST00000470924 663 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 RN7SL477P-201ENST00000488440 286 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SCOC-209ENST00000512749 841 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 FRG2EP-201ENST00000634243 835 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SARS-201ENST00000234677 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ADAT1-201ENST00000307921 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ALG6-202ENST00000371108 3371 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 IMPDH1-204ENST00000419067 2431 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ZNF263-202ENST00000538765 1721 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 CREBRF-203ENST00000520420 1660 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 DNPEP-205ENST00000373972 1578 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 LINC00324-201ENST00000315707 2082 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 RNASE7-201ENST00000298690 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 DCUN1D2-201ENST00000332592 2626 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 GGPS1-203ENST00000391855 1407 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 KIAA0391-211ENST00000605870 1406 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 CFAP20-201ENST00000262498 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ZNF180-202ENST00000391956 3049 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 LILRA5-201ENST00000432233 1363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 MKL1-212ENST00000618417 1842 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CUX1P39880 BLVRA-201ENST00000265523 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 GSTK1-201ENST00000358406 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 KRTAP10-12-201ENST00000400365 873 ntAPPRIS P2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 HNRNPA1P33-201ENST00000421426 561 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TUBB8P9-201ENST00000422534 1276 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TUBB8P10-201ENST00000430210 1279 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC127496.5-202ENST00000572036 869 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SERPING1-213ENST00000619430 634 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TNFSF13-203ENST00000380535 2195 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 Z98259.1-201ENST00000564261 1697 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 DDX41-208ENST00000507955 2607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 LINC00638-201ENST00000555578 2518 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 PREP-201ENST00000369110 2905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC090099.1-203ENST00000527059 2945 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 MLX-202ENST00000346833 2334 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 LINC02154-201ENST00000412485 1497 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 DBNDD1-203ENST00000392973 2689 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ALLC-201ENST00000252505 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 PLIN3-207ENST00000592528 2154 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 CFAP157-206ENST00000614677 1796 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SPRED3-201ENST00000338502 4778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 OR52N1-201ENST00000317078 963 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 THYN1-203ENST00000392594 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 AC079325.1-201ENST00000430386 857 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 LINC01833-204ENST00000444871 581 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 FDPS-206ENST00000467076 1178 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 TNNI2-206ENST00000617947 699 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 MIF4GD-214ENST00000618645 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 PDXDC1-218ENST00000627450 2683 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 SC5D-202ENST00000392789 2258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 GLDC-216ENST00000639639 1559 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CUX1P39880 NXPE4-201ENST00000375478 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 OR6F1-204ENST00000641470 1762 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 DAG1-219ENST00000538711 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 USF1-202ENST00000368020 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CUX1P39880 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms