Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 CHAT-212ENST00000640822 1412 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SELENON-202ENST00000361547 4334 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 JMJD6-203ENST00000445478 5303 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CPT1C-202ENST00000323446 2783 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AAMP-204ENST00000444053 1804 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC010970.1-201ENST00000445125 1848 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 HERC5-201ENST00000264350 3513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GALC-201ENST00000261304 3883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 MSRB3-202ENST00000355192 4289 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PCDHGA11-201ENST00000398587 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RC3H2-205ENST00000423239 3623 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AP4M1-204ENST00000421755 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 COL4A1-201ENST00000375820 6532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PPARGC1B-202ENST00000360453 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SLC25A26-202ENST00000354883 2673 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 COL18A1-AS1-201ENST00000397787 3425 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RANBP1-201ENST00000331821 837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 APOD-201ENST00000343267 1130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 DPM3-202ENST00000368399 517 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 TMEM52-203ENST00000378602 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 KRT18P36-201ENST00000411618 1276 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LIMS1-206ENST00000414829 439 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NME6-203ENST00000415644 849 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 OR2R1P-201ENST00000441404 914 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC006003.1-201ENST00000448541 613 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LIMS3-205ENST00000487150 782 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 HIST2H2BC-201ENST00000498492 580 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 HMGCLL1-208ENST00000508459 884 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ATP6V1D-206ENST00000554236 888 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ACTG1P17-201ENST00000558391 1119 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC022903.1-201ENST00000579327 469 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC103810.3-201ENST00000583567 96 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC090164.2-201ENST00000611487 516 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC138649.2-201ENST00000615886 705 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 DNAJC14-202ENST00000317287 2774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SEZ6L-201ENST00000248933 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SEZ6L-210ENST00000629590 3215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AMER1-202ENST00000374869 3688 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 FAM167A-201ENST00000284486 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SLC7A8-205ENST00000453702 1752 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PLA1A-205ENST00000494440 1775 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RAB15-201ENST00000267512 3391 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ZNF501-205ENST00000620116 3382 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 RARS2-201ENST00000369536 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 STK26-204ENST00000481105 1835 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 FSD1L-206ENST00000481272 1804 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LMBR1-201ENST00000353442 7997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 MANEA-AS1-201ENST00000564541 2268 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PLAG1-203ENST00000429357 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GUF1-201ENST00000281543 4449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GHET1-201ENST00000627071 1906 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 BSDC1-205ENST00000446293 1505 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ADPRH-205ENST00000478927 1501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CCBE1-201ENST00000398179 5979 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC021218.1-201ENST00000377722 2536 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NHLH2-202ENST00000369506 7226 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 TMEM132C-201ENST00000435159 4947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GOSR2-233ENST00000640068 3103 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 TNN-202ENST00000621086 4234 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AFF3-202ENST00000409236 9849 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 TRIB2-202ENST00000381465 2778 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GABRB2-205ENST00000517901 1779 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC021683.1-201ENST00000585798 1767 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 TACC3-212ENST00000612220 1756 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CTHRC1-201ENST00000330295 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 FAM58BP-201ENST00000439056 645 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SGO1-AS1-201ENST00000441442 499 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 HOXB-AS3-206ENST00000474040 741 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC091804.1-201ENST00000486888 567 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC006122.1-201ENST00000493323 440 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC009487.3-201ENST00000505579 560 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AL160314.3-201ENST00000556041 767 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC013355.1-201ENST00000562625 723 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ALKBH7-202ENST00000596657 603 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 TUBB4A-212ENST00000601152 590 ntTSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ZCCHC4-206ENST00000612982 938 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 MUC1-226ENST00000614519 1093 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AKAP12-204ENST00000402676 8432 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CAMKV-209ENST00000477224 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AL590824.1-201ENST00000403828 1349 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 CACNA1G-208ENST00000442258 7226 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 GOLGA8S-201ENST00000562295 1878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 KAAG1-201ENST00000274766 1382 ntAPPRIS P1 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ELOVL4-201ENST00000369816 3042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ANK1-205ENST00000347528 8237 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 C16orf62-215ENST00000542263 3138 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ALDH7A1-201ENST00000409134 4964 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 TCOF1-207ENST00000504761 4467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 MSR1-201ENST00000262101 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 IKZF1-204ENST00000349824 5757 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 LACTB2-201ENST00000276590 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 AC008620.2-201ENST00000510294 1569 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 Z98885.2-201ENST00000565177 1567 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 SCAF4-202ENST00000399804 4127 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 YWHAQ-202ENST00000381844 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LIG1P18858 NFATC4-226ENST00000556279 2924 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LIG1P18858 ADAMTS13-202ENST00000356589 4349 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.8 ms