Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE5

USP40, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40Q9NVE5 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC26.79■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.88
USP40Q9NVE5 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
USP40Q9NVE5 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 125.2 ms