Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 CDH18-AS1-201ENST00000513573 424 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 CD99P1-205ENST00000527459 561 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 IDH2-203ENST00000559482 1278 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 ACYP2-201ENST00000303536 789 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC24.12■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 HRASLS-201ENST00000264735 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM263-203ENST00000547242 811 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 MIR663A-201ENST00000385250 93 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
NKX2-4Q9H2Z4 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 HCFC1R1-201ENST00000248089 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 HCFC1R1-207ENST00000574980 845 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
NKX2-4Q9H2Z4 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.5 ms