Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.37■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC17.36■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC17.35■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC17.34■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC17.33■□□□□ 0.37
CCDC140Q96MF4 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC17.33■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC17.32■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.31■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.3■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC17.29■□□□□ 0.36
CCDC140Q96MF4 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC17.29■□□□□ 0.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms