Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC21.73■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC21.72■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
USP53Q70EK8 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 ST7L-221ENST00000490067 1780 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC21.67■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 MPST-208ENST00000628507 698 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USP53Q70EK8 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USP53Q70EK8 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
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