Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

Predictions only

Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
USP49Q70CQ1 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 B3GNT6-202ENST00000622824 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP49Q70CQ1 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP49Q70CQ1 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
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