Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC26.28■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.28■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 ZC3H14-223ENST00000557607 1983 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
SYNE3Q6ZMZ3 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 HSD11B1L-203ENST00000342970 1620 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 CBWD2-203ENST00000416503 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 POU2F3-206ENST00000543440 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC26.25■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC26.24■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC26.23■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
SYNE3Q6ZMZ3 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 214.1 ms