Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC34.15■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC34.15■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC34.14■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.14■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 DALRD3-206ENST00000441576 1706 ntTSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.14■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
TCOF1Q13428 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC34.13■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC34.13■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC34.12■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC34.12■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC34.11■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC34.11■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC34.11■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC34.11■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC34.1■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC34.1■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC34.1■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 IRF3-207ENST00000593922 1494 ntTSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 C2CD4B-201ENST00000380392 1579 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC34.08■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.08■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC34.08■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC34.07■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC34.07■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 SH3RF3-AS1-201ENST00000567491 1604 ntBASIC34.07■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.05
TCOF1Q13428 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.07■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.05■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC34.05■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC34.05■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC34.05■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC34.04■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC34.03■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
TCOF1Q13428 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
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