Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP4Q13107 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP4Q13107 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP4Q13107 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
USP4Q13107 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP4Q13107 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP4Q13107 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP4Q13107 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
USP4Q13107 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
USP4Q13107 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP4Q13107 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP4Q13107 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP4Q13107 MYDGF-203ENST00000599630 713 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP4Q13107 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
USP4Q13107 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 AGTR1-203ENST00000404754 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 HYI-204ENST00000372432 1066 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
USP4Q13107 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP4Q13107 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
USP4Q13107 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
USP4Q13107 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP4Q13107 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP4Q13107 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP4Q13107 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP4Q13107 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP4Q13107 LINC01124-201ENST00000409786 2117 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
USP4Q13107 OPN3-201ENST00000366554 2620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
USP4Q13107 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 GJC1-209ENST00000592524 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
USP4Q13107 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP4Q13107 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP4Q13107 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP4Q13107 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP4Q13107 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
USP4Q13107 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP4Q13107 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP4Q13107 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP4Q13107 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP4Q13107 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP4Q13107 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP4Q13107 PLPP5-201ENST00000419686 794 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP4Q13107 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP4Q13107 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
USP4Q13107 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP4Q13107 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
USP4Q13107 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 TIMM50-201ENST00000314349 1612 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
USP4Q13107 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
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