Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 DGKQ-201ENST00000273814 4636 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
LIG3P49916 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG3P49916 LGALS9C-201ENST00000328114 1730 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG3P49916 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG3P49916 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG3P49916 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG3P49916 MAG-203ENST00000537831 2341 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG3P49916 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG3P49916 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
LIG3P49916 E2F1-201ENST00000343380 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG3P49916 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG3P49916 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG3P49916 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG3P49916 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG3P49916 SLC35B2-201ENST00000393810 1898 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG3P49916 ANAPC4-201ENST00000315368 2685 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG3P49916 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG3P49916 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG3P49916 DLK2-202ENST00000372485 1572 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
LIG3P49916 FMR1-201ENST00000218200 4333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
LIG3P49916 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
LIG3P49916 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
LIG3P49916 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG3P49916 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG3P49916 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG3P49916 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG3P49916 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG3P49916 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG3P49916 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG3P49916 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
LIG3P49916 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG3P49916 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG3P49916 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG3P49916 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG3P49916 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG3P49916 MATK-204ENST00000585778 1994 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG3P49916 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
LIG3P49916 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 COL23A1-201ENST00000390654 3061 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
LIG3P49916 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG3P49916 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG3P49916 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG3P49916 PAQR4-201ENST00000293978 2644 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG3P49916 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG3P49916 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
LIG3P49916 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.2 ms