Protein–RNA interactions for Protein: O75379

VAMP4, Vesicle-associated membrane protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 141 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4O75379 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC28.82■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 AL357078.1-201ENST00000448344 310 ntTSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 CCR10-203ENST00000591765 1942 ntTSL 3 BASIC28.77■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
VAMP4O75379 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC28.76■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 SYNGR3-202ENST00000562045 1743 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC28.73■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
VAMP4O75379 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.1 ms