Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	SPC25	YER018C	666 nt		12.15	□□□□□ -0.46
SHP1	P34223	ATF2	YGR177C	1608 nt		12.15	□□□□□ -0.47
SHP1	P34223	CCT4	YDL143W	1587 nt		12.14	□□□□□ -0.47
SHP1	P34223	YLR415C	YLR415C	339 nt		12.14	□□□□□ -0.47
SHP1	P34223	BDF1	YLR399C	2061 nt		12.12	□□□□□ -0.47
SHP1	P34223	NAT4	YMR069W	858 nt		12.11	□□□□□ -0.47
SHP1	P34223	YDR524C-B	YDR524C-B	201 nt		12.1	□□□□□ -0.47
SHP1	P34223	VPS60	YDR486C	690 nt		12.07	□□□□□ -0.48
SHP1	P34223	GPI16	YHR188C	1833 nt		12.06	□□□□□ -0.48
SHP1	P34223	ALG3	YBL082C	1377 nt		12.05	□□□□□ -0.48
SHP1	P34223	MIR1	YJR077C	936 nt		12.05	□□□□□ -0.48
SHP1	P34223	DDR2	YOL052C-A	186 nt		12.05	□□□□□ -0.48
SHP1	P34223	ERF2	YLR246W	1080 nt		12.04	□□□□□ -0.48
SHP1	P34223	YFL067W	YFL067W	528 nt		12.03	□□□□□ -0.48
SHP1	P34223	CRR1	YLR213C	1269 nt		12.03	□□□□□ -0.48
SHP1	P34223	MSF1	YPR047W	1410 nt		12.03	□□□□□ -0.48
SHP1	P34223	NCP1	YHR042W	2076 nt		12.02	□□□□□ -0.48
SHP1	P34223	GLK1	YCL040W	1503 nt		12.02	□□□□□ -0.48
SHP1	P34223	YDL086C-A	YDL086C-A	435 nt		12.02	□□□□□ -0.49
SHP1	P34223	SWC5	YBR231C	912 nt		12.02	□□□□□ -0.49
SHP1	P34223	SEC11	YIR022W	504 nt		12.01	□□□□□ -0.49
SHP1	P34223	ANP1	YEL036C	1503 nt		12	□□□□□ -0.49
SHP1	P34223	THI74	YDR438W	1113 nt		11.99	□□□□□ -0.49
SHP1	P34223	FEN2	YCR028C	1539 nt		11.99	□□□□□ -0.49
SHP1	P34223	VPS75	YNL246W	795 nt		11.98	□□□□□ -0.49
SHP1	P34223	LYS4	YDR234W	2082 nt		11.96	□□□□□ -0.49
SHP1	P34223	TAT1	YBR069C	1860 nt		11.96	□□□□□ -0.49
SHP1	P34223	SPT8	YLR055C	1809 nt		11.95	□□□□□ -0.5
SHP1	P34223	SNG1	YGR197C	1644 nt		11.95	□□□□□ -0.5
SHP1	P34223	MIC10	YCL057C-A	294 nt		11.93	□□□□□ -0.5
SHP1	P34223	PCH2	YBR186W	1695 nt		11.93	□□□□□ -0.5
SHP1	P34223	HEM12	YDR047W	1089 nt		11.88	□□□□□ -0.51
SHP1	P34223	YIR016W	YIR016W	798 nt		11.87	□□□□□ -0.51
SHP1	P34223	DAT1	YML113W	747 nt		11.87	□□□□□ -0.51
SHP1	P34223	YMR244W	YMR244W	1068 nt		11.86	□□□□□ -0.51
SHP1	P34223	GUT2	YIL155C	1950 nt		11.86	□□□□□ -0.51
SHP1	P34223	PIB2	YGL023C	1908 nt		11.8	□□□□□ -0.52
SHP1	P34223	YGL034C	YGL034C	366 nt		11.78	□□□□□ -0.52
SHP1	P34223	TIM17	YJL143W	477 nt		11.77	□□□□□ -0.53
SHP1	P34223	UBA4	YHR111W	1323 nt		11.77	□□□□□ -0.53
SHP1	P34223	SHB17	YKR043C	816 nt		11.76	□□□□□ -0.53
SHP1	P34223	PAU7	YAR020C	168 nt		11.75	□□□□□ -0.53
SHP1	P34223	SHM2	YLR058C	1410 nt		11.75	□□□□□ -0.53
SHP1	P34223	BOP3	YNL042W	1191 nt		11.74	□□□□□ -0.53
SHP1	P34223	RTF1	YGL244W	1677 nt		11.73	□□□□□ -0.53
SHP1	P34223	GLR1	YPL091W	1452 nt		11.72	□□□□□ -0.53
SHP1	P34223	YDR010C	YDR010C	333 nt		11.71	□□□□□ -0.53
SHP1	P34223	XDJ1	YLR090W	1380 nt		11.69	□□□□□ -0.54
SHP1	P34223	NIT1	YIL164C	600 nt		11.69	□□□□□ -0.54
SHP1	P34223	YSR3	YKR053C	1215 nt		11.67	□□□□□ -0.54
SHP1	P34223	SGT2	YOR007C	1041 nt		11.67	□□□□□ -0.54
SHP1	P34223	YHR056W-A	YHR056W-A	435 nt		11.66	□□□□□ -0.54
SHP1	P34223	XYL2	YLR070C	1071 nt		11.66	□□□□□ -0.54
SHP1	P34223	MIC12	YBR262C	321 nt		11.66	□□□□□ -0.54
SHP1	P34223	NDI1	YML120C	1542 nt		11.62	□□□□□ -0.55
SHP1	P34223	PTK1	YKL198C	1989 nt		11.61	□□□□□ -0.55
SHP1	P34223	RBG2	YGR173W	1107 nt		11.61	□□□□□ -0.55
SHP1	P34223	RBG1	YAL036C	1110 nt		11.6	□□□□□ -0.55
SHP1	P34223	BNA2	YJR078W	1362 nt		11.59	□□□□□ -0.55
SHP1	P34223	GDH3	YAL062W	1374 nt		11.58	□□□□□ -0.56
SHP1	P34223	RET2	YFR051C	1641 nt		11.58	□□□□□ -0.56
SHP1	P34223	PHO89	YBR296C	1725 nt		11.55	□□□□□ -0.56
SHP1	P34223	RAX1	YOR301W	1308 nt		11.53	□□□□□ -0.56
SHP1	P34223	YGR201C	YGR201C	678 nt		11.5	□□□□□ -0.57
SHP1	P34223	AIM45	YPR004C	1035 nt		11.5	□□□□□ -0.57
SHP1	P34223	HHO1	YPL127C	777 nt		11.49	□□□□□ -0.57
SHP1	P34223	YCR087W	YCR087W	516 nt		11.48	□□□□□ -0.57
SHP1	P34223	Q0182	Q0182	405 nt		11.47	□□□□□ -0.57
SHP1	P34223	COQ2	YNR041C	1119 nt		11.44	□□□□□ -0.58
SHP1	P34223	AVT6	YER119C	1347 nt		11.43	□□□□□ -0.58
SHP1	P34223	SFA1	YDL168W	1161 nt		11.41	□□□□□ -0.58
SHP1	P34223	DUT1	YBR252W	444 nt		11.41	□□□□□ -0.58
SHP1	P34223	AGP1	YCL025C	1902 nt		11.41	□□□□□ -0.58
SHP1	P34223	YFL054C	YFL054C	1941 nt		11.38	□□□□□ -0.59
SHP1	P34223	YMR226C	YMR226C	804 nt		11.37	□□□□□ -0.59
SHP1	P34223	MRP20	YDR405W	792 nt		11.36	□□□□□ -0.59
SHP1	P34223	PAC11	YDR488C	1602 nt		11.35	□□□□□ -0.59
SHP1	P34223	YCR102C	YCR102C	1107 nt		11.32	□□□□□ -0.6
SHP1	P34223	GOR1	YNL274C	1053 nt		11.32	□□□□□ -0.6
SHP1	P34223	CCA1	YER168C	1641 nt		11.31	□□□□□ -0.6
SHP1	P34223	SAM1	YLR180W	1149 nt		11.3	□□□□□ -0.6
SHP1	P34223	YHL019W-A	YHL019W-A	594 nt		11.29	□□□□□ -0.6
SHP1	P34223	SHH4	YLR164W	507 nt		11.28	□□□□□ -0.6
SHP1	P34223	RPL4B	YDR012W	1089 nt		11.23	□□□□□ -0.61
SHP1	P34223	RPL4A	YBR031W	1089 nt		11.23	□□□□□ -0.61
SHP1	P34223	NBP35	YGL091C	987 nt		11.22	□□□□□ -0.61
SHP1	P34223	RPS14B	YJL191W	417 nt		11.22	□□□□□ -0.61
SHP1	P34223	YLR111W	YLR111W	333 nt		11.22	□□□□□ -0.61
SHP1	P34223	CAB5	YDR196C	726 nt		11.21	□□□□□ -0.61
SHP1	P34223	RAD51	YER095W	1203 nt		11.21	□□□□□ -0.61
SHP1	P34223	NVJ2	YPR091C	2313 nt		11.2	□□□□□ -0.62
SHP1	P34223	SWE1	YJL187C	2460 nt		11.19	□□□□□ -0.62
SHP1	P34223	TIR3	YIL011W	810 nt		11.17	□□□□□ -0.62
SHP1	P34223	YLR437C-A	YLR437C-A	228 nt		11.16	□□□□□ -0.62
SHP1	P34223	TOM6	YOR045W	186 nt		11.15	□□□□□ -0.62
SHP1	P34223	SDH5	YOL071W	489 nt		11.14	□□□□□ -0.63
SHP1	P34223	HIP1	YGR191W	1812 nt		11.13	□□□□□ -0.63
SHP1	P34223	RAD23	YEL037C	1197 nt		11.12	□□□□□ -0.63
SHP1	P34223	CLB6	YGR109C	1143 nt		11.12	□□□□□ -0.63
SHP1	P34223	POM34	YLR018C	900 nt		11.11	□□□□□ -0.63

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