Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TMEM143-201ENST00000293261 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ATP13A2-202ENST00000341676 3681 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 WBP2-215ENST00000591399 2225 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 NPRL3-212ENST00000620134 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.66□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC002407.1-201ENST00000636668 3863 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC4A1-201ENST00000262418 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 JPH3-201ENST00000284262 3985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AL590824.1-201ENST00000403828 1349 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TSPAN3-205ENST00000558745 1340 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 UQCC2-204ENST00000607484 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TGM2-201ENST00000361475 5070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ANKRD11-201ENST00000301030 9301 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 KRT8P18-201ENST00000413425 1445 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 OBSL1-202ENST00000373873 3297 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 NIT1-204ENST00000392190 1518 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 FAM96A-203ENST00000557835 1536 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC00839-202ENST00000429940 2253 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TADA3-204ENST00000440161 1617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CIART-201ENST00000290363 1746 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 KCNC3-202ENST00000474951 3347 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TRIM65-201ENST00000269383 3439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PRKAG2-215ENST00000492843 2699 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 MED11-201ENST00000293777 833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 GDPGP1-201ENST00000329600 1193 ntAPPRIS P1 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SPATA16-201ENST00000351008 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PMF1-202ENST00000368277 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC50A1-202ENST00000368401 1166 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PLAC9-203ENST00000372270 534 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 IGLJ3-201ENST00000390324 176 ntAPPRIS P1 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CHTF8-202ENST00000398235 1073 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 GULP1-204ENST00000409637 1242 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 FTCDNL1-203ENST00000420922 772 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CXorf40A-205ENST00000423540 1208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC02557-201ENST00000432249 477 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PSMD4P1-201ENST00000433951 1109 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PRRC2B-207ENST00000458550 899 ntTSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC093909.3-201ENST00000504783 336 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC25A15P3-201ENST00000505530 290 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC108474.1-201ENST00000507776 421 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 NSD1-211ENST00000511258 809 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 C11orf97-201ENST00000542198 701 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC020636.2-201ENST00000569170 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SNORD3B-1-201ENST00000577988 758 ntBASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AP001269.2-201ENST00000590055 379 ntTSL 3 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF677-204ENST00000594681 935 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ASNA1-205ENST00000611688 1214 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TP53-221ENST00000615910 1149 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 MAP4-204ENST00000395734 5590 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 FAM213A-205ENST00000606162 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ACSM2A-202ENST00000396104 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CDC45-202ENST00000404724 1693 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF251-201ENST00000292562 2807 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 MCM9-202ENST00000316316 5101 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 MYLK-202ENST00000354792 7531 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PPT2-245ENST00000361568 1759 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 RRM1-214ENST00000534285 2075 ntTSL 5 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CNTLN-201ENST00000380641 4871 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TSC22D1-211ENST00000501704 4026 ntTSL 2 BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PMPCB-201ENST00000249269 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.65□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PSME2-201ENST00000216802 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PLSCR1-214ENST00000487389 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 POM121-205ENST00000627934 5480 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CYP1A1-207ENST00000567032 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CACNA1G-228ENST00000514079 6891 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MINPP1-202ENST00000371996 2415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CA12-202ENST00000344366 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 C2orf68-201ENST00000306336 2837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ZNF212-201ENST00000335870 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CARMIL2-202ENST00000545661 4119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 MBP-205ENST00000397860 4844 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CACNA2D2-205ENST00000429770 5304 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 ADGRG6-204ENST00000367609 6887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TAOK2-204ENST00000543033 4072 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FBXL19-201ENST00000338343 3965 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 PDZD4-201ENST00000164640 3689 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SLC26A8-201ENST00000355574 3463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CYB5D2-203ENST00000575251 1588 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 HYOU1-218ENST00000614668 1569 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 C15orf39-202ENST00000394987 4430 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TMEM95-201ENST00000330767 1169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 KRTAP1-3-201ENST00000344363 972 ntAPPRIS P1 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 OPN1MW2-201ENST00000369929 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TRPM2-AS-201ENST00000423310 586 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 TEX36-AS1-202ENST00000446081 749 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 RN7SL375P-201ENST00000492442 298 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 GSTZ1-210ENST00000554279 795 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC023421.2-201ENST00000589510 313 ntTSL 5 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC005759.1-202ENST00000599416 415 ntTSL 3 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC011247.3-201ENST00000603297 438 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AL118522.1-201ENST00000611368 560 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AL136040.2-201ENST00000618431 1130 ntTSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 FRMD8-202ENST00000355991 3514 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SNHG15-202ENST00000577700 3116 ntTSL 2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 AC023908.3-201ENST00000564211 3047 ntBASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 CHIT1-202ENST00000367229 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SLC25A27-201ENST00000371347 2963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 HNF4G-201ENST00000354370 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 HLA-DPA1-242ENST00000419277 1704 ntAPPRIS P2 BASIC13.64□□□□□ -0.23
CCDC3Q9BQI4 SLC1A7-206ENST00000620347 2873 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.3 ms