Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

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Length 270 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ZNF354B-201ENST00000322434 2802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ARL15-201ENST00000502271 3248 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CTBP1-AS2-205ENST00000578730 2757 ntTSL 2 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC00163-201ENST00000434081 2155 ntTSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TACC3-212ENST00000612220 1756 ntTSL 5 BASIC13.71□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PLEKHO2-201ENST00000323544 3720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.71□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 FOXD4L5-201ENST00000377420 3109 ntAPPRIS P1 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 COMP-203ENST00000542601 2707 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 DNAAF5-202ENST00000403952 1907 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 MS4A15-201ENST00000337911 1536 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC021305.1-201ENST00000520656 1514 ntBASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TUBB8P4-201ENST00000511806 1324 ntBASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CABLES2-201ENST00000279101 3785 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC237221.1-201ENST00000561575 1881 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PLEKHN1-203ENST00000379410 2404 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TTC29-208ENST00000513335 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SAMD4A-202ENST00000392067 6833 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA7-202ENST00000355661 4980 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ILK-201ENST00000299421 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 VPS25-201ENST00000253794 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 STK16-203ENST00000409516 895 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 BCAS2P2-201ENST00000425064 674 ntBASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC019118.2-201ENST00000425776 718 ntTSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CSAG1-204ENST00000452779 627 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 RN7SL767P-201ENST00000493013 295 ntBASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC010285.2-201ENST00000510240 569 ntTSL 4 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 RPS25-202ENST00000527673 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC226150.1-201ENST00000544259 466 ntBASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC079174.1-201ENST00000552486 312 ntTSL 3 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TMEM202-AS1-201ENST00000562573 723 ntTSL 3 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF286A-212ENST00000580259 527 ntTSL 4 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 GAS7-216ENST00000583882 553 ntTSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ST5-261ENST00000626808 1071 ntTSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC12A5-219ENST00000628272 401 ntTSL 3 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC00882-204ENST00000484698 2718 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 DCUN1D4-201ENST00000334635 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 GJD2-201ENST00000290374 2889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CYB561-219ENST00000584031 3200 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 MBTD1-204ENST00000586178 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PLAU-202ENST00000446342 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 LGR5-201ENST00000266674 4611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TJP3-202ENST00000541714 3350 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ALDH3A1-201ENST00000225740 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 DDC-AS1-201ENST00000454521 1776 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ARPC1A-201ENST00000262942 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 GPD1-205ENST00000548814 1591 ntTSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 MPHOSPH10-205ENST00000498451 2068 ntTSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SMG8-201ENST00000300917 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC02537-201ENST00000635943 1367 ntTSL 4 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PLEKHB2-206ENST00000409612 2210 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 RAPGEF4-201ENST00000397081 4299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 KCNH4-201ENST00000264661 3920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 UBE2A-202ENST00000371558 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.7□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC26A11-201ENST00000361193 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ZNF655-201ENST00000252713 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SLC46A1-208ENST00000618626 5363 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 BEAN1-201ENST00000299694 2160 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CDKL3-206ENST00000521118 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PARP1-203ENST00000366794 3958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SCAMP2-201ENST00000268099 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 FAM219A-209ENST00000445726 3644 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 RPS27L-201ENST00000330964 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 MYO9B-204ENST00000594824 7595 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC020910.6-201ENST00000623084 1459 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TXNDC9-201ENST00000264255 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC090099.1-203ENST00000527059 2945 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC141928.1-201ENST00000511928 4525 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PORCN-201ENST00000326194 1755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 C19orf18-201ENST00000314391 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 FUNDC2P2-201ENST00000331369 1223 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CSAG1-203ENST00000370291 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 LY86-202ENST00000379953 1197 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 RANGRF-202ENST00000407006 1074 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CNRIP1-202ENST00000409559 644 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 NUPL2-202ENST00000410002 680 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 Z97652.1-201ENST00000415176 329 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 PPP1R2P4-201ENST00000424051 595 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 NSD2-209ENST00000436793 835 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 LINC00211-203ENST00000446799 662 ntTSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 GRPEL2P1-201ENST00000453145 339 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC107463.1-201ENST00000508605 667 ntTSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ORAOV1-209ENST00000538554 1000 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 KLF17P1-201ENST00000547105 1126 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CRADD-205ENST00000548483 1056 ntTSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 KRT8P2-201ENST00000556193 944 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 FAM104A-204ENST00000580032 451 ntTSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CEP95-212ENST00000581056 903 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 TMEM220-AS1-207ENST00000584714 541 ntTSL 4 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC003043.1-201ENST00000588260 337 ntTSL 3 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AC006158.1-201ENST00000610661 249 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 NOP16-211ENST00000621444 954 ntTSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 RPL13A-213ENST00000621674 1098 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 AL451007.2-201ENST00000632004 563 ntBASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 CHD1L-211ENST00000639534 1144 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL3-208ENST00000361392 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 ERN2-202ENST00000457008 3169 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 SH3GLB2-205ENST00000416629 1415 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
CCDC3Q9BQI4 DDX50-206ENST00000610822 2510 ntTSL 5 BASIC13.69□□□□□ -0.22
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