Protein–RNA interactions for Protein: P28370

SMARCA1, Probable global transcription activator SNF2L1, humanhuman

Predictions only

Length 1,054 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCA1P28370 Metazoa_SRP.141-201ENST00000615072 282 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 UPK1A-203ENST00000616789 1366 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 SMAGP-203ENST00000603798 2350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 STK3-218ENST00000617590 2485 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 NTRK2-201ENST00000277120 8633 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 CEP131-202ENST00000374782 3505 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ZIK1-201ENST00000307468 2510 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 UBAP1-202ENST00000359544 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 SATB2-205ENST00000443023 6194 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 MYO3A-201ENST00000265944 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC108024.1-201ENST00000626286 1721 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 TCOF1-202ENST00000377797 5095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 MMP25-201ENST00000336577 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 WASHC2A-202ENST00000314664 4519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ACIN1-203ENST00000357481 2563 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 FLOT2-210ENST00000585169 2585 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 SELENON-203ENST00000374315 4212 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 TRIM41-201ENST00000315073 3637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 RAI14-202ENST00000428746 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 TAGLN-207ENST00000532870 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 CEP131-203ENST00000450824 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ERCC4-207ENST00000575156 2073 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 FAM156A-208ENST00000615092 2098 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 SARS-201ENST00000234677 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC097376.2-205ENST00000610159 5334 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 SPOCK3-210ENST00000506886 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 GTPBP1-201ENST00000216044 5126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ERG-211ENST00000453032 1595 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ARFGAP1-202ENST00000370275 3467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ENO2-201ENST00000229277 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 NUTM2B-203ENST00000429828 3292 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 RIMS1-216ENST00000521978 5079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 MYBPHL-201ENST00000357155 1372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 IL9-201ENST00000274520 591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 OR7E115P-201ENST00000382617 1024 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ABCD1P4-201ENST00000399687 604 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ACTG1P19-201ENST00000418987 1116 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 GRAMD1A-203ENST00000424536 808 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC079250.1-201ENST00000456046 531 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC008267.1-201ENST00000474858 1069 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 NUDCD2-202ENST00000517501 448 ntTSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 RN7SL556P-201ENST00000582856 298 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC132812.1-201ENST00000583145 892 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 RN7SL555P-201ENST00000584742 339 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ZNF677-204ENST00000594681 935 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 MIR8071-1-201ENST00000616769 65 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 MIR8071-2-201ENST00000616772 65 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC073911.3-201ENST00000624401 631 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ZSWIM8-221ENST00000604729 6075 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 GPR83-201ENST00000243673 4282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 DNAJC14-201ENST00000317269 3330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 PGAP2-202ENST00000300730 1843 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 PGAP2-203ENST00000396986 1837 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 NFS1-203ENST00000374092 3012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 CELF1-214ENST00000531165 3650 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 TUBA1B-202ENST00000336023 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 DSCAM-AS1-202ENST00000427451 1640 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 FOSL2-201ENST00000264716 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC067750.1-201ENST00000608826 6545 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 SEZ6-201ENST00000317338 4471 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 DANT2-201ENST00000430756 2079 ntTSL 3 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC092115.1-201ENST00000566277 1402 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 GOLGA8IP-201ENST00000340249 1899 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ZNF451-201ENST00000357489 4998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 KCNMA1-262ENST00000639489 4302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 EPB42-210ENST00000622454 2227 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 TMPRSS6-203ENST00000406725 3122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 CDC20B-202ENST00000322374 1679 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 FAM86C1-202ENST00000359244 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 ETNPPL-202ENST00000411864 2028 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 SLC16A9-202ENST00000395348 4178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 NF2-205ENST00000361452 5884 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 WASHC1-201ENST00000442898 1827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 SERPINB6-206ENST00000380546 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 TBC1D3E-201ENST00000621587 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 LINC00910-206ENST00000592135 2438 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 HPGD-201ENST00000296521 1171 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 CABP1-203ENST00000351200 770 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 FBXO44-203ENST00000376760 822 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 PCLAF-202ENST00000380258 911 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AIMP2-202ENST00000395236 860 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 HOXB-AS3-209ENST00000477144 743 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC004889.1-205ENST00000493248 531 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 OR2A1-AS1-210ENST00000496968 531 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 IKBKB-212ENST00000519735 1166 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC226150.1-201ENST00000544259 466 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC003006.1-202ENST00000594684 612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC012087.1-201ENST00000608068 809 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC105137.3-201ENST00000617588 984 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 AC002044.2-201ENST00000624910 970 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 LINC00969-254ENST00000625358 962 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 SLC35C1-201ENST00000314134 4171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 PITPNM1-216ENST00000534749 4189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 HMOX2-201ENST00000219700 1621 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 DDX17-202ENST00000396821 4791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 KLHDC7A-201ENST00000400664 5145 ntAPPRIS P1 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SMARCA1P28370 UNC13B-201ENST00000378495 6303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.7 ms