Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SRPRA-201ENST00000332118 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 GPR37-201ENST00000303921 3021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 HSD3BP1-201ENST00000286193 1111 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 HNRNPA3P12-201ENST00000437410 1063 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 RNU1-80P-201ENST00000459500 161 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TOB1-AS1-202ENST00000514358 690 ntTSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC137579.2-201ENST00000517714 551 ntTSL 4 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SPAG5-AS1-204ENST00000556050 871 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC091304.3-201ENST00000566500 716 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 KRT17P4-203ENST00000579355 621 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CCND3P2-201ENST00000579393 537 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AL353997.6-201ENST00000583394 621 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC123912.6-201ENST00000612657 315 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AL591806.3-201ENST00000289779 2096 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC008429.1-202ENST00000518818 2067 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 DPYSL4-201ENST00000338492 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ZC3H12D-201ENST00000409806 5791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ATXN10-202ENST00000381061 3135 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CTRL-205ENST00000574481 1721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 NUMBL-201ENST00000252891 3561 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 FBRS-201ENST00000287468 2811 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ANKDD1A-207ENST00000496660 1477 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ATF3-202ENST00000341491 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 APOBEC3D-202ENST00000427494 1961 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CDR2L-201ENST00000337231 3536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SAMD5-201ENST00000367474 6089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 DNAAF5-201ENST00000297440 3410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 RPLP1-202ENST00000357790 445 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 BPIFA4P-201ENST00000375465 1203 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ARAF-202ENST00000377039 1271 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 MPV17-207ENST00000403262 665 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SNORA50D-201ENST00000408059 134 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LINC00484-201ENST00000414768 561 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PLA2G1B-202ENST00000423423 423 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 RPL35P1-201ENST00000450819 370 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PILRA-205ENST00000453419 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC026583.1-201ENST00000561310 569 ntTSL 4 BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 VARS-215ENST00000375663 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 MLXIPL-201ENST00000313375 3278 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 MLXIPL-206ENST00000434326 3252 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 DZIP1-204ENST00000376829 3738 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 MEAF6-204ENST00000373075 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 RBM25-204ENST00000526754 1567 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 DSN1-204ENST00000426836 2441 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CACNA2D3-201ENST00000288197 3671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CACNA2D3-206ENST00000474759 3675 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CELF1-214ENST00000531165 3650 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ZSCAN21-203ENST00000456748 1904 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CHRNA1-205ENST00000409542 1460 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CA6-205ENST00000480186 1493 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LINC00667-206ENST00000582363 2935 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ZFP64-201ENST00000216923 3264 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SOWAHA-201ENST00000378693 3211 ntAPPRIS P1 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PPHLN1-206ENST00000395580 1693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC073869.1-201ENST00000415574 2762 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 FAU-201ENST00000279259 461 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 BCL2L11-203ENST00000357757 947 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 FAM126A-201ENST00000409763 616 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LINC01875-201ENST00000454477 660 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC004969.1-201ENST00000471553 578 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LINC00511-205ENST00000578206 908 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 BLVRB-202ENST00000595483 649 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 ZNF671-203ENST00000596939 977 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC006986.1-201ENST00000612764 241 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 GSTT2-203ENST00000634759 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SAFB2-201ENST00000252542 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 HIF3A-202ENST00000244303 2250 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 POM121L4P-202ENST00000427789 1891 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PATL2-208ENST00000560780 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TBC1D3E-201ENST00000621587 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 NUTM2B-203ENST00000429828 3292 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AL355390.1-201ENST00000325811 2328 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 GPAT3-201ENST00000264409 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CCDC42-201ENST00000293845 1374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 LINC02433-202ENST00000507108 1395 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 EVL-201ENST00000392920 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 TRIL-201ENST00000539664 4935 ntAPPRIS P1 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 MAP7D2-204ENST00000452324 2233 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 STK3-218ENST00000617590 2485 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 PMM1-201ENST00000216259 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 RN7SL684P-201ENST00000465665 294 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 MAN2B2-202ENST00000504248 2968 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC011431.1-201ENST00000512971 230 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AAMDC-207ENST00000527134 693 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC004801.1-201ENST00000549557 360 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC008747.1-201ENST00000592220 442 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 IRF3-213ENST00000596765 710 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 HAMP-203ENST00000598398 652 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 GSTT2-202ENST00000621118 1112 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 DUX4L33-201ENST00000635217 958 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 SCN3B-202ENST00000392770 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 AC091807.1-201ENST00000418838 1544 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
TCOF1Q13428 CPEB1-213ENST00000617462 2068 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38.5 ms