Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 GAS2L1-201ENST00000406549 1803 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 AL591684.2-201ENST00000605970 1594 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.84
LIMCH1Q9UPQ0 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.51■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 ARIH2OS-201ENST00000408959 1598 ntAPPRIS P1 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC26.5■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.48■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 ZC3H14-219ENST00000556945 2075 ntTSL 5 BASIC26.46■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.45■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC26.43■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
LIMCH1Q9UPQ0 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC26.42■■□□□ 1.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms