Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
SHANK3Q9BYB0 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 RAP1B-207ENST00000450214 1466 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
SHANK3Q9BYB0 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC29.56■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
SHANK3Q9BYB0 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms