Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 MAPT-203ENST00000340799 5724 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 SLC4A4-201ENST00000264485 5852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
RPUSD4Q96CM3 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 IRX4-206ENST00000513692 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 CIZ1-204ENST00000372938 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 MGAT3-201ENST00000341184 5062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 KCNN4-201ENST00000262888 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 OBSL1-204ENST00000404537 5841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 EFS-202ENST00000351354 2704 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 PMPCA-201ENST00000371717 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 ADGRA2-201ENST00000315215 6270 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 FGFR2-211ENST00000369059 3003 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 KCNK6-201ENST00000263372 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 HDAC4-201ENST00000345617 8976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 HDAC4-215ENST00000543185 8990 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 AL606970.3-201ENST00000446811 2246 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 PHOX2B-201ENST00000226382 3030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 KCNMA1-252ENST00000639120 2308 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 RCCD1-206ENST00000556618 1556 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
RPUSD4Q96CM3 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms